La historia comienza después de terminar la saga de Hades, donde Seiya se queda inválido e inconsciente después de que Hades le clavara su espada. Durante ese tiempo Soair lo ha estado cuidando, hasta que un día llegan tres ángeles del cielo hasta la cabaña donde estaban. Los Caballeros del Zodiaco van ha ser castigados por su rebelación contra los dioses.
Seiya es incapaz de encender su cosmos debido a la herida que le dejó la espada de Hades. Athena se sacrifica para salvar a la humanidad, y a sus caballeros, y Artemis la hermana mayor de Athena toma el control y el poder en el Santuario. Aretmis la traiciona enviando a sus ángeles ha matar a los Caballeros del Zodiaco. Las almas de los caballeros de oro son desterradas para siempre por la ira de los dioses, mientras tanto, Shun e Ikki y Hyoga y Shiryu se enfrentan a Odysseus y Tesseus, dos de los ángeles, los cuales acaban siendo eliminados.
Seiya no consigue derrotar a Ícaros, el ángel más poderoso, sólo cuando se reencuentra con Athena logra encender su cosmos y vencer a Ícaros. Ícaros logra salvar a Athena del ataque de Artemis, y en ese momento aparece su hermano mayor Apolo, Dios del Sol.
Seiya deberá elevar su cosmos hasta el infinito, ¿conseguirá vencer al poder de un Dios de la categoría de Apolo? Saori ya advierte que el poder de su hermano supera con creces al de los humanos, ¿podrán los Caballeros del Zodiaco realizar el milagro de nuevo?.